เรื่องราวของ Phantomgate นั้นจะเล่าเรื่องราวของความขัดแย้งระหว่างแม่ของตัวเอกของเรื่อง Astrid กับเทพเจ้าโอดิน ที่พยายามต้องการที่จะชิงตัว Astrid มาไว้ แต่แม่ของเธอขัดขืน ในช่วงเวลาสุดท้าย แม่ของเธอได้พา Astrid หลบหนีและหายสายสูญไป หลายปีต่อมา Astrid เติบโตขึ้น และเธอจะต้องออกตามหา Phantom เพื่อฟื้นคืนความทรงจำในอดีตของเธอ และช่วยฟื้นคืนชีพแม่ของเธอให้ได้ ผ่านการช่วยเหลือของ Watchmaker ซึ่งเป็นผู้ช่วยเหลือพาแม่ของเธอหลบหนี และเฝ้าดูแล Astrid มาตั้งแต่เล็กจนโตแบบห่างๆ นั่นเอง
ตัวเกมเพลย์นั้นจะเป็นเกมแนว Turn-base RPG โดยจะเป็นการเล่นแต่ละด่านๆ แต่ความแตกต่างจากเกมอื่นก็คือ เกมนี้เมื่อเล่นในแต่ละด่านแล้ว คนเล่นจะต้องบังคับตัวละครเดินสำรวจในฉากต่างๆ เสมือนกับเกม RPG Side Scroller ทั่วไปเลย ที่คนเล่นจะต้องมองหาเส้นทางต่างๆ เพื่อผ่านเส้นทางในแต่ละเส้นทางผ่านฉากในเกมที่สวยงามตระการตาในอาณาจักรแอสการ์ด เมื่อคนเล่นมีการเดินชนกับศัตรูตามฉากต่างๆ แล้ว ตัวเกมจะมีการตัดเข้าสู่ฉากสู้ทันที แต่ความแตกต่างของเกมนี้กับเกมอื่นนั่นก็คือ เกมนี้คนเล่นจะกึ่งๆ ถูกบังคับต้องเดินไปชน เพราะคนเล่นจะต้องเอาของที่จะได้จากการสู้กับพวกศัตรู ถึงจะสามารถผ่านด่านได้ เช่น คันโยกสำหรับเปิดผ่านทาง และสำคัญก็คือ อัญมณี Phantom ทั้งสามสี เพื่อให้เปิดประตู เพื่อเข้าไปสู้กับบอสประจำด่าน และนั่นจะทำให้ได้สะสม Phantom เพื่อปลดผนึกความทรงจำแม่ของ Astrid และช่วยฟื้นพลังของแม่ของเธอให้ได้นั่นเอง