สำหรับเกม Fantasy Stars Battle Arena นั้นจะเป็นเกมที่เราจะรับบทเป็นซัมม่อนเนอร์และส่งลูกทีมของเราไปแข่งขันในสนามแข่งขัน ระบบการเล่นเกมนี้จะเป็นการแข่งขันการเอาชนะฮีโร่ของอีกฝ่าย โดยฮีโร่ฝ่ายไหนตายก่อนก็จะแพ้ไปนั่นเอง ระบบเกมจะมีการฟื้นฟูค่า MP มาให้เรื่อยๆ และเมื่อค่า MP ถึงตามที่กำหนดแล้ว คนเล่นจะสามารถเสกเรียกยูนิตลงสนามไปได้ เช่น ค่า MP ถึงสองแล้ว ถึงจะสามารถเรียกยูนิตที่ใช้ค่า MP 2 ลงไปในสนามแข่งขันได้นั่นเองครับ
ความแตกต่างของเกมนี้กับเกมอื่นนั่นก็คือ คนเล่นจะสามารถเสกยูนิตลงสนาม “ตำแหน่งไหนก็ได้” รวมไปถึง “อาณาเขตของศัตรุ” ยํ้านะครับว่า สามารถวางยูนิตลงตำแหน่งไหนไหนก็ได้ จะวางใกล้ๆ ฮีโร่ของเราหรือจะวางข้างหลังฮีโร่อีกฝ่ายก็ได้ ไม่มีข้อจำกัดใดๆ ในการเล่นทั้งสิ้น ซึ่งตรงนี้แหละที่จะทำให้เกมพลิกแพ้เป็นชนะ หรือชนะเป็นแพ้ได้เลย เท่านั้นยังไม่พอ คนเล่นยังสามารถคุมตัวละครฮีโร่ได้อย่างอิสระ เพราะเกมนี้ตัวละครฮีโร่จะไม่ยืนเฉยๆ เป็นเป้านิ่ง เพราะตัวละครฮีโร่จะสามารถมีส่วนในการโจมตีได้ แต่คนเล่นจะเลือกโจมตีไปด้วยหรือว่าจะเลือกคอยหลบโจมตีจากอีกฝ่ายก็แล้วแต่คนเล่น แต่ข้อจำกัดก็คือ ตัวละครฮีโร่จะไม่สามารถลํ้าเข้าไปในอาณาเขตของอีกฝ่ายได้ ยกเว้นใช้สกิลเทเลพอร์ตเข้าไป (แล้วก็จะกระเด้งออกมา)
ปัจจัยในการเอาชนะอีกฝ่ายจึงไม่ใช่แค่การเลือกยูนิตลงไปต่อสู้และใช้ฮีโร่ของเรามีส่วนร่วมอย่างเดียว แต่จะหมายถึงการใช้สกิลด้วย เช่นเดียวกันกับเกมอื่น เกมนี้จะมีสกิลในการโจมตีอีกฝ่ายโดยตรง แต่ก็สามารถหลบการโจมตีได้ และรวมไปถึงสกิลของตัวละครฮีโร่ก็จะต้องอาศัยรอการ์ดสกิลจั่วออกมาถึงจะสามารถใช้โจมตีอีกฝ่ายได้เช่นกัน ทำให้เกมนี้เป็นเกมแนววางแผนที่จะต้องอาศัยการขบคิดทุกอย่างเพื่อให้สัมพันธ์กันให้ได้มากที่สุด
